โรงเรียนเปร็งวิสุทธาธิบดี เปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 เนื้อที่ 30 ไร่ เขตพื้นที่บริการ ตำบลเปร็ง อำเภอบางบ่อ จังหวัดสมุทรปราการ ตั้งอยู่ห่างไกลจากตัวอำเภอบางบ่อ และจังหวัดสมุทรปราการ อยู่ชิดเขตแดน อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา และแขวงขุมทอง เขตลาดกระบัง กรุงเทพมหานคร สภาพภูมิศาสตร์ เป็นตำบลที่มีคลองล้อมรอบ การคมนาคมใช้เรือในการเดือนทาง ประชาชนต้องส่งบุตรหลาน ไปศึกษาต่อระดับมัธยมศึกษาในท้องถิ่นอื่น ซึ่งมีความยากลำบากในการเดินทาง พระวิสุทธาธิบดี เจ้าอาวาสวัดไตรมิตรวิทยารามกรุงเทพมหานคร ได้เสนอแนวคิดขอจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาขึ้นในตำบลเปร็ง โดยขยายชั้นต่อไปจากโรงเรียนประถมศึกษา แต่ทางกระทรวงศึกษาธิการไม่อนุมัติ เพราะในสมัยนั้นไม่มีนโยบายจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาในโรงเรียนประถมศึกษา
ต่อมาในปี พุทธศักราช 2518 พระครูวิจารณ์ สมุทรวัฒน์ เจ้าอาวาสวัดเปร็งราษฎร์บำรุง และพระครูสุทัศน์ อธิฉนโธ พร้อมด้วยคณะกรรมการฝ่ายสงฆ์ และคฤหัสถ์ โดยได้รับการสนับสนุนจากพระวิสุทธาธิบดี และนายยงยุทธ แสงทอง ครูใหญ่โรงเรียนวัดเปร็งราษฎร์บำรุง ได้เสนอต่อกรมสามัญศึกษา ขอตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาในหลักการเดิม คือขอขยายชั้นเรียนในโรงเรียนวัดเปร็งราษฎร์บำรุง และทางวัดเพิ่มที่ดินให้อีก 15 ไร่ กรมสามัญศึกษา และกระทรวงศึกษาธิการ ไม่อนุมัติ แต่ยืนยันว่าจะตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาในตำบลเปร็งอย่างแน่นอน
ด้วยเจตนารมณ์นี้ เจ้าอาวาสวัดเปร็งราษฎร์บำรุง พร้อมด้วยคณะกรรมการฝ่ายสงฆ์ และฝ่ายคฤหัสถ์ ได้มีมติทำหลักฐานอนุญาตให้ใช้ที่ดินของวัด จำนวน 30 ไร่ ให้แก่ทางกรมสามัญศึกษา เพื่อจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาที่ตำบลเปร็ง กระทรวงศึกษาธิการ จึงประกาศจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษา ขึ้นที่ตำบลเปร็ง เป็นโรงเรียนที่สอง ของอำเภอบางบ่อ และเป็นโรงเรียนลำดับที่ 8 ของจังหวัดสมุทรปราการ โดยใช้ชื่อว่า "โรงเรียนเปร็งวิสุทธาธิบดี" เมื่อวันที่ 3 เดือนพฤษภาคม พุทธศักราช 2518
รายนามผู้บริหารโรงเรียนจากอดีตถึงปัจจุบัน ประกอบด้วย
นายสุทธินันท์ พรหมปลอด กศ.บ. พ.ศ. 2518 – พ.ศ. 2530
นายสมบัติ คุ้มภู กศ.บ. พ.ศ. 2530 – พ.ศ. 2535
นายปรีชา โชติกาล กศ.บ. พ.ศ. 2535 – พ.ศ. 2543
นายนรากร กรนุ่ม คบ. พ.ศ. 2543 – พ.ศ. 2548
นายชูศักดิ์ องค์ศิริพร ศศ.ม. พ.ศ. 2548 – พ.ศ. 2553
นายสถิตย์ สวนพรหม - พ.ศ. 2553 – พ.ศ. 2554
นางวิไลลักษณ์ พลูมา ศษ.ม. พ.ศ. 2554 – พ.ศ. 2556
นายสุทธิพล ไตรรัตน์สิงหกุล กศ.ม. พ.ศ. 2556 – พ.ศ. 2559
นายชูธัช สระพรหม ศษ.ม. พ.ศ. 2560 – พ.ศ. 2561
นางบุศรินทร์ แสงใหญ่ กศ.ม. พ.ศ. 2561 – พ.ศ. 2563
